हालांकि, इसके बाद आई बीआर चोपड़ा की ‘महाभारत’ ने पुनीत को मानो लोगों के ज़हन में हमेशा- हमेशा के लिए अमर कर दिया. महाभारत से जुड़ा एक किस्सा भी काफी मशहूर है जिसे खुद पुनीत ने सुनाया था. एक्टर की मानें तो एक बार महाभारत की शूटिंग के लिए सभी कलाकार जयपुर गए हुए थे. यहां के एक लोकल व्यवसायी को जब यह बात पता चली तो सभी कलाकारों को खाने पर बुलाया गया.
खाने के दौरान पुनीत इस्सर के साथ महाभारत में द्रौपदी बनीं रूपा गांगुली बैठी थीं. बताया जाता है कि खाना शुरू होते ही एक महिला आई और उसने रूपा के कान में कुछ कहा जिसके बाद वह उठकर पांडवों के पास चली गईं और वहां खाना खाया.
पुनीत को यह बात हज़म नहीं हुई, उन्होंने जब इस घटना के बारे में पता किया तो बताया गया कि उस महिला ने रूपा से कहा था, ‘दुर्योधन एक दुष्ट आदमी है तुम्हें (द्रोपदी को) उसके पास नहीं बैठा चाहिए’. बहरहाल, यह सब इसलिए हुआ था क्यूंकि पुनीत ने महाभारत के दौरान अपने किरदार में इस कदर जान फूंक दी थी कि लोग उन्हें सच में एक बुरा आदमी समझने लगे थे.