सेंसर की कॉपी में जिन काटे गए दृश्यों के बारे में लिखा गया है, उनमें अभिषेक बच्चन और तापसी पन्नू हैं. सिगरेट पीने के सीन के अलावा गुरुद्वारे में तापसी पन्नू द्वारा अभिषेक से शादी के दौरान अपने प्रेमी विकी कौशल को याद किए जाने का दृश्य भी शामिल है. कहा गया है कि अंबाला के सिख समुदाय ने इन दृश्यों पर आपत्ति की थी.
मीडिया की खबरों के मुताबिक, अभिषेक के सिख युवक के रूप में पगड़ी उतारकर सिगरेट पीने के दृश्य के खिलाफ जम्मू-कश्मीर उच्च न्यायालय में धार्मिक भावनाएं आहत किए जाने का मामला दर्ज कराया गया है. कश्यप ने अपने ट्वीट में इरोस इंटरनेशनल के अध्यक्ष किशोर लुल्ला का मोबाइल नंबर भी साझा किया था, जिसे बाद में ट्विटर ने हटा दिया.
फिल्म के सह-निर्माता विक्रमादित्य मोटवाने ने ट्वीट कर कहा, "पहली बार सेंसर बोर्ड ने परिपक्वता दिखाते हुए फिल्म को पारित किया था, लेकिन रीढ़विहीन स्टूडियो ने सीन काट दिए, क्या खराब उदाहरण पेश किया है." 'मनमर्जियां' की कहानी अमृतसर के युवाओं की कहानी है, जिसका निर्माण फैंटम फिल्म्स और आनंद एल. राय की कलर येलो प्रोडक्शन ने मिलकर किया है.
अभिनेत्री तापसी पन्नू ने ट्वीट कर कहा, "मैं आश्वस्त हूं कि फिल्म के सीन कटने के बाद अब कोई सिख कभी सिगरेग नहीं पीएगा और कोई भी महिला गुरुद्वारे में शादी करने के वक्त किसी और के बारे में नहीं सोचेगी. इससे वाहे गुरु को नाज होगा कि उनका धर्म सबसे शुद्ध, सबसे धार्मिक और शांतिपूर्ण है."